主室窟顶为斗四莲花藻井，花饰三兔纹样井心。藻井内岔角绘童子形飞天，外岔绘有翼兽，方井外框饰以忍冬狮子联珠纹。四边垂幔铺于四披。垂幔呈鳞片形和垂角形多层重叠的形式，色彩以黑、褐、赭红为主色。窟顶的四披绘有大幅的经变场画。各场面间以树石花卉、塔庙寺院、流泉莲池、行云飞花等景物作为分隔。但由于四披画面稠密繁杂，加之变色严重，其中的一些画面识读起来十分困难，因此学术界对该窟四披内容的认识也存在争论，主要分为两大派。即“法华经变说”和“法华经变与涅槃经变说”。本解说以“法华经变说”为准。
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东壁北段画清净法身卢舍那佛及四大菩萨（南部残），为三身佛中之报身。密教作菩萨形，双手重叠置于脐下，结跏趺坐，光环重叠，作修持状。人体比例匀称，肌肉丰满，展示出密教佛像的特色。四大菩萨为“地藏菩萨”、“文殊师利菩萨”、“虚空藏菩萨”、“弥勒菩萨”，均座于缠枝莲花上。东侧画药师佛立像一身，着田相袈裟，右手执锡杖，左手持药钵，赤足立莲花上。
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化工冶炼和金属器物：博山炉。此为窟内中心柱四面佛龛座下的药叉力士图。两身药叉之间有博山炉一只，为重叠的山形。
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净土寺院：药师经变中的净土寺院，画幅巨大。寺院的前廊上有三门、钟楼、经藏等一列七座楼，内院中轴线上有二层大佛殿，殿的造型是一座佛塔，殿前是宝池和露台，殿两侧及后面是一片建築羣，有楼阁、回廊，重重叠叠高低错落，及其壮观。
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单叶忍冬波状连续纹：忍冬叶纹满地铺饰，叶片首尾相聯呈反转图形，重叠套联，如同翻腾浪花，不留空处。
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